La historia del mole cobra tintes de leyenda, ya que hay diversas versiones respecto a su origen, lo que sí parece demostrado es que en los tiempos remotos de la América prehispánica, los aztecas preparaban mezclas con chiles, jitomate, cacao y especias, que daban como resultado unas salsas a las que llamaban mulli, término del cual derivaría la palabra mole, cuentan que estos mullis servían de ofrenda a los dioses.

Con el tiempo, la preparación de estas salsas fue evolucionando y cruzándose con las aportaciones en ingredientes y especias de los conquistadores españoles, lo cierto es que la evolución del mole, tal como hoy lo conocemos, está ligada a la de los conventos que se construyeron en México, tras la conquista del llamado nuevo mundo.

Según una de estas versiones, una monja del Convento de Santa Rosa, en Puebla, dio con el sabor del mole poblano tras moler en un metate diferentes chiles y otros ingredientes. 

La versión tiene una variante ampliada, que aporta nombre y apellidos, Andrea de la Asunción habría sido la monja dominica que, por inspiración divina, creó el mole para agasajar al virrey Tomás Antonio de Serna, que quedó muy complacido con esta deliciosa preparación.

Por último, existe otra versión según la cual el origen del mole fue producto de un despiste, Fray Pascual Bailón, el cocinero de un convento poblano, nervioso por la visita de Juan Palafox y Mendoza, virrey de la Nueva España y arzobispo de Puebla, tropezó junto a la cazuela donde se cocinaban unos guajolotes, de esta forma fortuita cayeron al guiso chiles, chocolate, almendras y otras especias, el virrey quedó gratamente sorprendido por el sabor del nuevo plato.

Con el tiempo, cada región de México le dio al mole su propio carácter, de esta forma, el mole negro surgió en Oaxaca como resultado de un inagotable proceso de mestizaje.