Está ubicado en el ex Convento de los Carmelitas Descalzos, cuya construcción data de 1697. 

Se trata de uno de los más importantes ejemplos del patrimonio arquitectónico e histórico del pueblo mexiquense. 

Al trascurso de los años funcionó como asilo, hospicio, hospital y sede del Instituto Científico y Literario, hasta que el 7 de septiembre de 1945 fue inaugurado como museo.

Después de un largo periodo de restauración, fue re inaugurado el 17 de octubre de 2002, su objetivo es preservar y difundir el arte sacro y el arte aplicado de los siglos XVI al XIX.